หลักการปฎิบัติในการวิเคราะห์เพื่อหาข้อสรุปจากกุรอาน (อิสติมบาฎ)  กุรอานเป็นเรื่องที่อัลลอฮ์ให้ไว้แก่มวลมนุษย์ด้วยเหตุผผล สองประการคือ
                ๑. เป็นเครื่องยืนยันความสัจจริงของนบีมุฮัมมัด ต่อสถานุภาพการเป็นศาสนฑูตของท่าน และความสัจจริงของสิ่งที่ท่านเรียกร้อง โดยที่อัลลอฮ์ให้กุรอานมีลักษณะที่ล้ำเลิศเกินกว่ามนุษย์คนใด จะสามารถเลียนแบบได้ ทั้งในแง่ภาษา วรรณศิลป์ ปรัชญา และองค์ความรู้ในด้านต่าง ๆ ดังที่มีในกุรอานว่า
                "พวกเขาอ้างว่ามุฮัมมัด ปันแต่งกุรอานขึ้นเองกระนั้นหรือ? บอกไปเถิดว่าถ้าเช่นนั้น พวกท่านก็จงเรียกหาใครก็ได้ที่พวกท่านสามารถเพื่อมาช่วยเหลือท่าน (ทำให้ได้เช่นเดียวกับที่กุรอานทำ) ทั้งนี้หากแม้นพวกท่านเป็นผู้สัจจริง" (๑๐:๓๘)
                ๒. เป็นทางนำสู่ความถูกต้อง เที่ยงธรรมในการดำเนินชีวิต ดังที่ที่มีในกุรอานว่า
                "แท้จริงกุรอานนี้ชี้นำสู่ทางที่เที่ยงตรงกว่า และยังจะนำความโสมนัสมายังศรัทธาชน ผู้ประกอบความดีทั้งหลายว่า พวกเขาจะได้ผลอันยิ่งใหญ่เป็นการตอบแทน " (๑๗:๙)
                กุรอานดำรงอยู่ รอดพ้นจากการแก้ไขเปลี่ยนแปลง เพิ่มเติมด้วยปัจจัยหลักคือ การท่องจำ และการบันทึกเป็นลายลักษณ์อักษร โดยคำสั่งของท่านนบีเอง นับแต่บทบัญญัติแรกจนสุดท้าย ถ้อยคำที่ใช้บางที ก็ใช้ถ้อยคำสำนวนที่ให้ความหมายตรงตัว ไม่สามารถตีความเป็นอื่นได้ แต่ก็มีหลายบทบัญญัติแม้จะใช้ถ้อยคำสำนวนที่กะทัดรัด แต่เปิดกว้างทางนัยยะให้ได้ใช้วิจารณญาณวิเคราะห์ หาบทสรุปสำหรับทุกกรณีและหาทางออกสำหรับทุกปัญหา
                ถ้อยคำสำนวนในรูปแบบที่สองนี้เอง นำไปสู่ความคิดอันหลากหลาย ซึ่งในสมัยที่ศาสนฑูต (นบี) ยังมีชีวิตอยู่ ท่านจะเป็นผู้ชี้ว่าความคิดใดถูกต้อง หรือคลาดเคลื่อน เมื่อท่านนบีสิ้นชีวิตแล้ว ความรู้ความเข้าใจ ยังคงดำรงอยู่กับมิตรสหายของท่าน ซึ่งทุกคนหากพบถ้อยคำในกรุอานที่ตนไม่เข้าใจ ก็ไม่มีใครกล้าเอาความคิดของตนมาตีความ โดยไม่สอบถามผู้รู้ในเรื่องนั้นก่อน
                ดังนั้นการอรรถาธิบายบทบัญญัติของกุรอานต้องเป็นผู้มีคุณสมบัติใหญ่ ๆ สามประการคือ
                เป็นผู้ที่มีความรู้ในศาสตร์ที่เกี่ยวกับกุรอานดีพอ  เพราะในกุรอานมีบริบททางสังคมที่แตกต่างกัน หากพบบางบทบัญญัติ ขัดแย้งกับอีกบทบัญญัติ ก็ต้องรู้ว่าบทบัญญัติใดให้มาก่อนหลัง บทบัญญัติก่อนถูกยกเลิก โดยบทบัญญัติหลัง (นาซิค - มันซูค) การนำบทบัญญัติหนึ่งเดียวมาบ่งชี้โดยไม่ศึกษาบทบัญญัติอื่น ๆ ที่เกี่ยวข้อง อาจนำไปสู่การหลงผิดได้ นอกจากนั้นยังต้องรู้มูลเหตุแห่งการให้บทบัญญัติด้วย
                เป็นผู้มีความรู้ด้านภาษาอาหรับอย่างดี
                เป็นผู้มีความรู้ดีพอด้านหลักนิติบัญญัติอิสลามและประวัติศาสตร์อิสลาม  ในอิสลามอุดมไปด้วยหลักนิติบัญญัติมากมาย ที่นักปราชญ์มุสลิม ได้กลั่นกรองเอาไว้จากกุรอาน และแบบฉบับของท่านนบี
                    - หลักการว่าด้วยการ ปิดไว้ป้องกันภัยมา
                    -  หลักการว่าด้วยการ ยอมทำบาปที่มีผลน้อยที่สุด เมื่อไม่มีทางเลือกอื่น
                    -  หลักการว่าด้วยการ ความยากลำบากย่อมนำมาซึ่งความสะดวก
                    -  หลักการว่าด้วยการ ความคับขันนำให้สิ่งต้องห้ามผ่อนคลาย
                    ความรู้เหล่านี้ อิสลามกำหนดไว้ให้เป็นหน้าที่ของคนกลุ่มหนึ่ง ที่มีศักยภาพเท่านั้น (ฟัรดูกิฟายะฮ์) คนอื่นที่ไม่มีความรู้พอจึงต้องทำตามที่ผู้รู้ชี้แจงไว้ ดังในกรุอานมีว่า
                    "จงสอบถามผู้รู้ หากพวกเจ้าไม่รู้"  (๑๖:๔๓)
                ข้อมูลและการวิเคราะห์ที่ได้รับการสืบทอดกันมาจากบรรพชนรุ่นก่อน จึงเป็นสิ่งจำเป็น ข้อมูลด้านการอรรถาธิบายกุรอานดังกล่าว มีอยู่มากมาย บรรดาข้อวินิจฉัยดังกล่าว เชื่อว่าสังคมมุสลิม จะสามารถนำเสนอวิถีชีวิตที่งดงาม ตามแบบฉบับอิสลาม และสร้างความสงบร่มเย็นแก่โลกได้ แต่ในความเป็นจริง ที่ระบุว่ามีที่มาจากกุรอาน โดยอาศัยการแปลกุรอานเป็นภาษาอื่นที่ตนเข้าใจ แล้วสรุปประเด็นต่าง ๆ ออกเป็นข้อวินิจฉัยของตน จนหลายครั้ง สังคมเกิดการปั่นป่วน วุ่นวายแตกแยก แบ่งฝ่ายจนยากที่จะประสาน ซึ่งสังคมมุสลิมในประเทศไทย ก็หนีไม่พ้นสภาพเช่นนี้ จึงน่าจะอยู่ในข่ายแห่งความหมายของคำกล่าว ของศาสนฑูตที่ว่า
                "ผู้ใดกล่าวอ้างสิ่งใดในอัลกุรอานโดยไม่มีพื้นฐานความรู้จริง ก็จงเตรียมที่ทางของตนไว้ในนรกเถิด" (บันทึกโดยอัตติรมีซัย : ๒๘๗๔)
                ลักษณะดังกล่าวนับเป็นภัยร้ายแรงอย่างหนึ่งของสังคมมุสลิม ดังที่อิหม่ามซาฟีอีย์ กล่าวว่า
                "ความเสียหายใหญ่หลวงมักเกิดจากผู้รู้ฉีกกระชากจรรยาบรรณแห่งความรู้ และสิ่งเลวร้ายกว่านั้นคือ ผู้อวิชาที่สำแดงตนเป็นคนเคร่งศาสนา ทั้งสองนับเป็มหันตภัยในโลก โดยเฉพาะกับผู้ที่ถือเอาคนทั้งคู่ เป็นครูในเรื่องศาสนาของตน"
            ทัศนะเรื่องการต่อสู้ในหนทางของศาสนา (ญีฮาด) ในอิสลาม
            แนวคิดเรื่อง ญีฮาด และชะฮีด เป็นเรื่องสำคัญที่สุดสำหรับเอกสารดังกล่าว จึงมีความจำเป็นต้องอธิบายแนวคิดที่ถูกต้อง
            ญีฮาด ในอิสลาม หมายถึงการทุ่มเทสรรพกำลังทั้งหลาย  เพื่อเทิดทูนคำสั่งของอัลลอฮ์ ให้อิสลามคงอยู่ในโลกอย่างมั่นคง ซึ่งจำต้องอาศัยปัจจัยต่าง ๆ หลายประการ ดังนั้นจึงได้มีการแบ่งการญีฮาด ออกเป็นหลายประเภทด้วยกัน ท่านอิมนุลกัยยิมแบ่งการญีฮาดออกเป็น
                การญีฮาดกับอารมณ์ของตนเอง  ถือเป็นพื้นฐานของการญีฮาดอื่น ๆ ทั้งหมด แบ่งออกเป็นสี่ระดับคือ
                    ๑. ญีฮาดเพื่อเรียนรู้ทางนำและสัจธรรม อันจะทำให้ชีวิตประสบความสุขทั้งในโลกนี้และโลกหน้า
                    ๒. ญีฮาดเพื่อปฏิบัติในสิ่งที่ได้เรียนรู้แล้ว
                    ๓. ญีฮาดเพื่อเผยแพร่สัจธรรมที่เรียนรู้ให้คนอื่นเข้าใจ
                    ๔. ญีฮาดเพื่อให้อดทนอดกลั้นต่อความยากลำบากต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นในการปฏิบัติตามคำสั่งของอัลลอฮ์
                การญีฮาดกับซาตานร้าย  โดยการพยายามขจัดข้อเคลือบแคลงต่าง ๆ ที่เกี่ยวกับอัลลอฮ์ออกไป จนเกิดความเชื่อมั่นศรัทธาอันแท้จริง อดกลั้นต่อแรงยั่วยุของซาตาน
                การญีฮาดกับผู้ปฏิเสธ  โดยการนำเสนอเหตุผล หลักฐานและข้อเท็จจริงต่าง ๆ เกี่ยวกับอิสลามให้เป็นที่เข้าใจ หรือหมายถึงการทำสงครามต่อสู้กับการถูกข่มเหง ซึ่งถือว่าอยู่ในสถานการณ์ที่ถูกบังคับ
                การญีฮาดกับมุนาฟิก  ซึ่งต้องใช้เหตุผลโน้มน้าวใจเป็นส่วนใหญ่
                การญีฮาดกับมุสลิมผู้ประพฤติตนผิดหลักศาสนา  ซึ่งอาจต้องใช้กำลัง เหตผลหักล้างหรือการปฏิเสธด้วยใจ
                ปัจจุบันคนส่วนใหญ่เข้าใจการญีฮาดว่าหมายถึงการทำสงครามเท่านั้น อันนำไปสู่ความรุนแรงในหลายส่วนของโลกรวมทั้งในประเทศไทยด้วย
           ญีฮาดกับสงคราม  การญีฮาดไม่จำเป็นต้องเป็นการสู้รบเสมอไป และแม้เมื่อเกิดการสู้รบแล้ว ก็มิได้หมายความว่าเป็นการญีฮาดทุกกรณี เช่น การต่อสู้กับผู้บุกรุก เพื่อทำลายชีวิต หรือแย่งชิงทรัพย์สิน เป็นการต่อสู้ที่ชอบธรรม แต่มิใช่การญีฮาด
                จุดประสงค์ของสงครามในอิสลาม  อิสลามไม่สนับสนุนการทำสงครามและไม่อนุญาตให้มีการประกาศสงคราม เว้นแต่ด้วยความจำเป็น และมีจุดประสงค์ที่เป็นหนทาง เพื่ออัลลอฮ์  ไม่มีผู้ใดสามารถประกาศสงครามเว้นแต่ผู้นำสูงสุดของมุสลิม ต้องผ่านกระบวนการเรียกร้องสู่สันติภาพ หรือการตอบรับอิสลามอย่างถูกต้องชอบธรรมก่อน  ต้องไม่กระทำการโจมตีบุคคลใด หรือฝ่ายใด นอกจากเขาต้องรับผิดชอบในผลแห่งการกระทำนั้น ทั้งในด้านศาสนบัญญัติ และกฎหมาย เพื่อวัตถุประสงค์อย่างใดอย่างหนึ่ง ดังต่อไปนี้
                    - ตอบโต้ความอยุติธรรมและการรุกราน ปกป้องและพิทักษ์ชีวิตครอบครัว ทรัพย์สิน ศาสนาและมาตุภูมิ
                    - ปกป้องเสรีภาพในด้านการศรัทธา และปฏิบัติตามหลักศาสนาที่บรรดาผู้รุกรานพยายามใส่ร้าย หรือกีดขวางมิให้มีเสรีภาพด้านความคิด และการนับถือศาสนา
                    - พิทักษ์การเผยแพร่อิสลามที่ค้ำชูความเมตตา ความสงบสันติแก่มนุษยชาติ ให้แพร่กระจายอย่างทั่วถึงแก่มวลมนุษย์
                    - ให้บทเรียนแก่ผู้ละเมิดสัญญาหรือศรัทธา หรือผู้ทำตัวเป็นปฏิปักษ์กับคำสั่งของอัลลอฮ์ และปฏิเสธความยุติธรรม การประนีประนอม
                    - ให้ความช่วยเหลือแก่ผู้ถูกกดขี่ไม่ว่าเขาจะอยู่ ณ แห่งหนใด ปลดปล่อย และปกป้องเขาจากการรุกรานของเหล่าผู้กดขี่
                    ดังนั้นจึงเห็นได้ถึงความแตกต่างระหว่างการก่อการร้ายซึ่งเป็นสิ่งต้องห้าม และนำไปสู่ความหายนะ และความพินาศ กับการญีฮาดที่ถูกต้องตามหลักศาสนา
บทสรุป
            จากการศึกษาเอกสาร "การต่อสู้ที่ปัตตานี"  เห็นว่าเขียนขึ้นโดยมีเป้าหมาย เพื่อปลุกระดมความคิด เพื่อเป้าหมายในการแบ่งแยกดินแดน มุ่งปลุกระดมให้เกิด "ความเชื่อ" ในแนวทางของตน โดยได้นำเอาทัศนะในทางประวัติศาสตร์ มาเป็นพื้นฐานให้เชื่อว่า ดินแดนส่วนหนึ่งของประเทศไทย ในพื้นที่สามจังหวัดชายแดนภาคใต้ เป็นดินแดนที่ถูกยึดไป จึงต้องต่อสู้เพื่อให้ได้กลับคืนมา พร้อมกันนั้นก็ได้ปลุกกระแสชาติพันธุ์นิยมให้เห็นถึงความเป็นชาติพันธุ์มลายู ปลุกอารมณ์ความโกรธ ความคับแค้นใจ ในการดำเนินงานของเจ้าหน้า ที่ของรัฐที่ได้ทำการกดขี่ข่มเหง เพื่อสร้างให้สังคมเห็นว่า การต่อสู้ของคนกลุ่มนี้ เป็นการต่อสู้ในทางศาสนา หรือการญีฮาด
            วิธีการดังกล่าวได้บดบังคำสอนอันถูกต้องของอิสลามไปอย่างน่าเสียดาย บทบัญญัติจากคัมภีร์กุรอาน ไม่เพียงแต่ยกตัวบทมาเขียนผิด เขียนเพิ่มแล้ว ยังพยายามอธิบายบิดเบือนผิดพลาดคลาดเคลื่อน ได้นำบทบัญญัติต่าง ๆ มาเป็นเสมือนคาถาอาคม ที่มีความเชื่อว่าจะสามารถป้องกันอันตราย จากอาวุธของฝ่ายตรงข้าม ทำให้ฝ่ายตรงข้ามมองไม่เห็น เหล่านี้แสดงให้เห็นว่าบุคคลกลุ่มนี้ เข้าใจคำสอนของอิสลามผิดพลาดคลาดเคลื่อนไป
            ในส่วนทัศนะในเรื่องประวัติศาสตร์นั้น จะต้องเข้าใจว่าเป็นเรื่องของอดีต แก้ไขไม่ได้ การสู้รบกันระหว่างมนุษย์ มีมาตลอดประวัติศาสตร์ด้วยเหตุผลต่าง ๆ
            ในอดีตคนเชื้อสายมลายู มีแหล่งอาศัยอยู่ในจังหวัดชายแดนภาคใต้ แต่ความเป็นไปในประวัติศาสตร์ ทำให้คนเชื้อสายมลายูกระจายอยู่ทั่วประเทศไทย การใช้ภาษามลายูถูกลืมเลือนไป ตามความเปลี่ยนแปลงทางประวัติศาสตร์
            หากมองจากฐานคติของอิสลามแล้ว การมาเป็นศาสนิกนั้นคือการยินยอมที่จะเป็นคนที่ข้ามข้อจำกัดทางชาติพันธุ์ ภาษา สีผิวหรือแม้แต่ความเป็นคนของรัฐใดรัฐหนึ่ง ไปสู่ความเป็นสมาชิกของมนุษยชาติอันเป็นสากล  การแบ่งแยกตนเอง นำคนเพียงชาติพันธุ์เดียวไปสู่การปกครองตนเองเป็นทัศนะที่คับแคบ ไม่สอดคล้องกับอุดมการณ์ของอิสลาม
            ในเรื่องญีฮาดนั้น เห็นว่าผู้เขียนเอกสารมีความเข้าใจคำสอนเรื่องญีฮาดคับแคบ และเลือนลาง พฤติกรรมที่ส่อแสดงไปในความเชื่อแบบบ้าคลั่ง งมงายและไร้เหตุผล ฆ่าคนบริสุทธิ์อย่างไม่เลือกหน้า นับว่าห่างไกลจากความหมายของคำว่าญีฮาด
            ขอให้คนไทยทุกคนที่อาศัยอยู่บนพื้นแผ่นดินที่เรียกว่า ประเทศไทย ไม่ว่าจะนับถือศาสนาใด ชาติพันธุ์ใด สีผิวใด พูดภาษาอะไร มีลักษณะทางกายภาพเป็นอย่างไร เขาคือคนไทย แผ่นดินทุกตารางนิ้วที่เราอาศัยอยู่นี้คือ แผ่นดินไทย คนไทยทุกคนเป็นเจ้าของ ประวัติศาสตร์การสร้างชาติจะเป็นมาอย่างไรก็แล้วแต่ แต่ ณ วันนี้แผ่นดินรูปขวานทองนี้คือแผ่นดินไทย ใครจะมาแบ่งแยกโดยอ้างเหตุผลใดไม่ได้ทั้งสิ้น และเป็นหน้าที่ของคนไทยทุกคน ที่จะปกป้องแผ่นดินนี้ ให้สืบทอดสู่ลูกหลานไทยต่อไป และมีหน้าที่ที่จะต้องให้ดินแดนนี้ เป็นดินแดนแห่งความสงบสุขสันติ และเป็นดินแดนที่คนไทยทุกหมู่เหล่า สามารถอยู่ร่วมกันอย่างสมานฉันท์สืบไป