เมื่อปี พ.ศ. 2113  พระยาละแวกหรือสมเด็จพระบรมราชา กษัตริย์เขมร  ซึ่งเคยเป็นเมืองขึ้นของไทยมาก่อน ตั้งแต่ครั้งสมเด็จพระรามาธิบดีที่ 1 (พระเจ้าอู่ทอง)  เห็นไทยบอบซ้ำจากการทำสงครามกับพม่า  ได้ถือโอกาสยกกำลังเข้ามาซ้ำเติมกรุงศรีอยุธยา  โดยยกกองทัพมีกำลัง 20,000 คน  เข้ามาทางเมืองนครนายก  เมื่อเข้ามาถึงกรุงศรีอยุธยาแล้วได้ตั้งทัพอยู่ที่ตำบลบ้านกระทุ่ม  แล้วเคลื่อนพลเข้าประชิดพระนคร  โดยได้เข้ามายืนช้างบัญชาการรบอยู่ในวัดสามพิหาร  และวางกำลังพลรายเรียงเข้ามาถึงวัดโรงฆ้อง ต่อไปถึงวัดกุฎีทอง และนำกำลังพล 5,000 คน ช้าง 30 เชือก  เข้ายึดแนวหน้าวัดพระเมรุราชิการาม  พร้อมกับให้ทหารลงเรือ 50 ลำ  แล่นเข้ามาปล้นพระนครตรงมุมเจ้าสนุก
            สมเด็จพระมหาธรรมราชา  เสด็จออกบัญชาการรบป้องกันพระนครเป็นสามารถ  กองทัพเขมรพยายามยกพลเข้าปล้นพระนครอยู่ 3 วัน  แต่ไม่สำเร็จจึงยกกองทัพกลับไป  และได้กวาดต้อนผู้คนชาวบ้านนาและนครนายกไปยังประเทศเขมรเป็นจำนวนมาก

            ในปี พ.ศ. 2121  เจ้ากรุงกัมพูชากษัตริย์เขมร ให้พระทศโยธากับพระสุรินทรราชา  คุมกองทัพเขมรเข้ามากวาดต้อนราษฎรชาวไทย แถบเมืองนครราชสีมา  เจ้าเมืองนครราชสีมามีกำลังน้อย จึงไม่ได้ออกต่อสู้  ฝ่ายเขมรเห็นได้ที จึงได้ยกทัพมุ่งมาทางเมืองสระบุรี  หมายปล้นสะดมหาเสบียงที่เมืองสระบุรีต่อไป  สมเด็จพระนเรศวร  ซึ่งปกติพระองค์จะเสด็จประทับอยู่ที่เมืองพิษณุโลก  บังเอิญในเวลานั้น ได้เสด็จมาเยี่ยมพระราชบิดาที่กรุงศรีอยุธยา  ทราบข่าวกองทัพเขมรยกล่วงล้ำเข้ามาดังกล่าว  จึงพร้อมด้วยสมเด็จพระเอกาทศรถ  ทรงจัดกำลังช้างเร็ว ม้าเร็วกับทหาร 3,000 คน  ยกขึ้นไปดักทัพเขมรที่เมืองไชยบาดาล  ให้พระยาไชยบุรี กับพระศรีถมอรัตน์  เจ้าเมืองท่าโรง (วิเชียรบุรี) คุมทัพม้า 500  เป็นกองหน้ารีบรุดขึ้นไปก่อน  และให้ซุ่มอยู่สองข้างทางในดงใหญ่ ที่กองทัพเขมรจะยกมา  ฝ่ายกองทัพเขมรเห็นว่า ในระหว่างเดินทัพมา  ไม่มีการต่อสู้ขัดขวางจากฝ่ายไทย  และเห็นว่ายังอยู่ห่างไกลจากกรุงศรีอยุธยา  จึงเคลื่อนทัพมาด้วยความประมาท  ขาดความระมัดระวัง  คิดว่าคงไม่มีใครออกมาต่อสู้  เมื่อกองหน้าของทัพเขมร ถลำเข้ามาในพื้นที่ที่ฝ่ายไทยซุ่มอยู่  พระไชยบุรีกับพระศรีถมอรัตน์  จึงให้อาณัติสัญญาณให้ทหารที่ซุ่มอยู่ออกโจมตี  โดยฝ่ายเขมรไม่ทันรู้ตัว ฝ่ายไทยไล่ฆ่าฟันทหารเขมรล้มตายเป็นอันมาก  กองทัพเขมรก็แตกฉาน  กองทัพไทยก็ติดตามไปจนถึงทัพหลวง
            ฝ่ายพระทศโยธา และพระสุรินทราชาเห็นทัพหน้าแตกยับเยิน  ไม่ทราบแน่ว่ากองทัพไทยมีกำลังมากน้อยเพียงใด  ก็รีบถอยหนีกลับไปทางนครราชสีมา  ก็ได้ถูกทัพไทยที่ดักทางคอยอยู่ก่อนแล้ว  เข้าโจมตีซ้ำเติมอีก  กองทัพเขมรทั้งหมดจึงรีบถอยหนีกลับไปกรุงกัมพูชา
            การรบครั้งนี้ทำให้สมเด็จพระนเรศวรเป็นที่เคารพยำเกรงแก่บรรดาแม่ทัพนายกอง และบรรดาทหารทั้งปวงเป็นที่ยิ่ง  กิตติศัพท์อันนี้เป็นที่เลื่องลือไปถึงกรุงหงสาวดี  และผลจากการรบครั้งนี้ทำให้เขมรไม่กล้าลอบมาโจมตีไทยถึงพระนครอีกเลย

            การที่เขมรลอบเข้ามาซ้ำเติมไทยหลายครั้ง ในห้วงเวลาที่ไทยเสียแก่พม่านั้น  นับว่าเป็นคุณแก่ไทยในทางอ้อม  เพราะทำให้ราษฎรที่กระจัดกระจายอยู่ในที่ต่าง ๆ ครั้งเสียกรุงแก่พม่า ให้หนีภัยเขมร  กลับเข้ามาอยู่ในกรุงศรีอยุธยา  ทำให้ฝ่ายไทยมีกำลังขึ้น  นอกจากนั้นก็เป็นโอกาสที่ฝ่ายไทย  คิดอ่านจัดการป้องกันพระนคร ให้แข็งแกร่งมีประสิทธิภาพมากขึ้น โดยที่ไม่ต้องเกรงว่าทางพม่าจะระแวงสงสัย
            การดำเนินเสริมสร้างความมั่นคงดังกล่าว ได้แก่การเสริมการป้องกันพระนครทางด้านตะวันออก  ซึ่งเป็นด้านที่ข้าศึก เคยตีฝ่าเข้าพระนครมาได้ในสงครามที่ผ่านมา  โดยให้ขุดขยายคลองขื่อหน้าคูพระนคร  ตั้งแต่วัดแม่นางปลื้ม  ตรงที่ต่อปากคลองเมืองทุกวันนี้  ลงไปจนปากข้าวสาร  ให้ลึกและกว้างกว่าเดิม และผลจากการขุดคลองขื่อหน้านี้  ได้ให้กำแพงพระนครด้านทิศตะวันออก ขยายลงไปถึงริมแม่น้ำ ให้เหมือนกับกำแพงเมืองด้านอื่น  จากนั้นได้ให้สร้างป้อมใหญ่ขึ้นอีกป้อมหนึ่ง ที่มุมพระนครด้านทิศตะวันออกเฉียงเหนือเรียกว่า ป้อมมหาชัย  ซึ่งอยู่ตรงตลาดหัวรอในปัจจุบัน
            ป้อมตามแนวกรุงเก่าซึ่งมีอยู่ 16 ป้อมด้วยกันนั้น มีป้อมสำคัญอยู่ 3 ป้อม คือ ป้อมเพชร  ตั้งอยู่ตรงลำแม่น้ำ  ใช้รักษาพระนครทางด้านทิศใต้  ป้อมซัดกบ  ตั้งอยู่ตรงลำแม่น้ำแควหัวตะพาน  ใช้รักษาพระนครทางด้านทิศตะวันตกเฉียงเหมือ  ทั้งสองป้อมนี้มีอยู่เดิมตั้งแต่ครั้งสมเด็จพระมหาจักรพรรดิ์  ส่วนป้อมมหาชัยนั้นสร้างขึ้นใหม่  อยู่ตรงทางน้ำร่วม ที่มุมเมืองด้านตะวันออกเฉียงเหนือ  เพื่อใช้รักษาพระนครทางด้านนี้
            นอกจากการสร้างเสริมคูเมืองกำแพงเมือง และบรรดาป้อมปราการทั้งหลายแล้ว  ก็ได้มีการรวบรวมกำลังพล  ช้าม้าพาหะ และจัดหาเครื่องศัตราวุธ มีปืนใหญ่เป็นต้นมาเพิ่มเติม โดยจัดหาจากต่างประเทศ  ที่เข้ามาค้าขายทางทะเลอยู่แล้ว

            เมื่อปี พ.ศ. 2124  พระเจ้าหงสาวดีบุเรงนองสวรรคต  ราชโอรสองค์ใหญ่พระนามมังไชยสิงห์  ซึ่งเป็นรัชทายาท และดำรงตำแหน่งมหาอุปราช ได้ขึ้นครองราชย์ ทรงพระนามว่า พระเจ้านันทบุเรง  พระเจ้านันทบุเรงได้ตั้งมังกะยอชะวา  พระราชโอรสขึ้นเป็นพระมหาอุปราชา  เมื่อกษัตริย์องค์ใหม่ขึ้นครองราชย์  ก็จะต้องมีฎีกาบอกกล่าวไปยังบรรดาประเทศราชทั้งหลาย  ให้มาเฝ้าตามพระราชประเพณี  ในครั้งนั้นก็มีพระเจ้าตองอู  ผู้เป็นพระอนุชาพระเจ้าบุเรงนอง พระเจ้าแปรเป็นราชบุตรพระเจ้าบุเรงนอง  แต่คนละแม่กับพระเจ้านันทบุเรง  พระเจ้าอังวะผู้เป็นราชบุตรเขยพระเจ้าบุเรงนอง พระเจ้าเชียงใหม่  พระเจ้ามินปะลอง ผู้ครองเมืองยะไข่ พระเจ้าหน่อเมือง ผู้ครองเมืองลานช้าง และสมเด็จพระมหาธรรมราชา ผู้ครองกรุงศรีอยุธยา  ซึ่งทางกรุงศรีอยุธยา  สมเด็จพระมหาธรรมราชาได้ส่งพระโอรสพระองค์ใหญ่คือ  สมเด็จพระนเรศวร เสด็จไปแทนพระองค์
            ในเหตุการณ์ครั้งนี้ มีเจ้าเมืองคังไม่ได้มาเข้าเฝ้าตามประเพณี  พระเจ้านันทบุเรงเห็นว่าเจ้าเมืองคังแข็งเมือง จำต้องยกทัพไปปราบปราม  เพื่อมิให้เป็นเยี่ยงอย่างต่อไป  ในโอกาสที่เจ้าประเทศราชมาชุมนุมกันอยู่นี้  จึงให้โอรสของพระองค์  และโอรสเจ้าประเทศราชที่มีฝีมือ ยกกำลังไปปราบปรามเมืองคังแทนพระองค์  ดังนั้นจึงได้จัดให้พระมหาอุปราชา (มังกะยอชะวา หรือ มังสามเกลียด) พระสังกทัต (นัดจินน่อง) ราชบุตรพระเจ้าตองอู  และสมเด็จพระนเรศวร  ยกทัพไปตีเมืองคัง เป็นทำนองประชันฝีมือกัน
            เมืองคังเป็นเป็นที่ตั้งอยู่บนภูเขา  เป็นเมืองเล็กพื้นที่น้อย  การที่กองทัพทั้ง 3 จะเข้าตีพร้อมกันเป็นการลำบาก  เพราะไม่มีพื้นที่ให้ดำเนินกลยุทธได้เพียงพอ  จึงตกลงกันให้ผลัดกันเข้าตีวันละกองทัพ  พระมหาอุปราชาได้รับเกียรติให้เข้าตีก่อน  เมื่อถึงวันกำหนด  พระมหาอุปราชาก็ยกกำลังเข้าตีเมืองคังในเวลากลางคืน  ชาวเมืองคังได้ต่อสู้ป้องกันเมืองเป็นสามารถ  รบกันจนรุ่งสว่างก็ไม่สามารถตีหักเอาเมืองได้  จึงต้องถอนกำลังกลับลงมา  วันต่อมา พระสังกทัตได้ยกกำลังเข้าตีเมืองคัง  แต่ก็ไม่สำเร็จอีกเช่นกัน
            เมื่อถึงวาระของสมเด็จพระนเรศวร  พระองค์ได้มีการเตรียมการเป็นอย่างดี  โดยที่ในระหว่างสองวันแรก  ที่กองทัพทั้งสองผลัดกันเข้ามาโจมตรีนั้น พระองค์ได้ใช้เวลาดังกล่าว ออกลาดตะเวณตรวจดูภูมิประเทศ และเส้นทางบริเวณเมืองคังโดยตลอด  ก็พบว่า มีทางที่จะขึ้นไปยังเมืองคังทางด้านอื่นได้อีกทางหนึ่ง นอกจากเส้นทางหลักที่กองทัพทั้งสองใช้เข้าตี  แต่เส้นทางดังกล่าวนั้นเป็นเส้นทางลับ และคับแคบ เคลื่อนกำลังไม่สะดวก  ดังนั้น พระองค์จึงแบ่งกำลังออกเป็นสองส่วน  เมื่อถึงเวลาค่ำก็ให้กองทหารกองเล็กซุ่มอยู่ทางด้านหน้า  ซึ่งเป็นทางหลักที่พระมหาอุปราชาและพระสังกทัต ใช้เป็นเส้นทางเข้าตีมาก่อนแล้ว  และให้กองทหารกองใหญ่ ไปวางกำลังอยู่ที่เส้นทางที่ตรวจพบใหม่  กองทัพไทยทั้งสองกองซุ่มอยู่ตลอดคืน จนถึงเวลาสี่นาฬิกา  พระองค์จึงให้กองทหารกองเล็ก ยิงปืนโห่ร้อง แสดงอาการว่าจะเข้าตีเมืองทางด้านนั้น  ชาวเมืองคังเข้าใจว่า ข้าศึกจะยกเข้าตีหักเอาเมืองทางด้านนั้น เหมือนเช่นครั้งก่อน  และด้วยเป็นเวลามืด มองไม่เห็นข้าศึกว่ามีมากน้อยเพียงใด  ก็พากันมารบพุ่งต้านทางในด้านนั้น  เมื่อพระองค์ทรงเห็นว่า การต้านทานเมืองคัง ได้ทุ่มเทไปทางด้านนั้นหมดแล้ว  ก็สั่งให้กองกำลังส่วนใหญ่ ที่ซุ่มคอยอยู่ที่เส้นทางใหม่ เข้าตีหักเอาเมืองคังได้เมื่อเวลาเช้า  จับได้ตัวเจ้าฟ้าเมืองคังมาถวายพระเจ้าหงสาวดี
            พระเจ้าหงสาวดีหมายมั่นที่จะให้การเข้าตีเมืองคัง  เป็นผลงานของพระมหาอุปราชา  แต่ผลงานกลับเป็นของสมเด็จพระนเรศวร  ผลสำเร็จในการปฎิบัติการยุทธของสมเด็จพระนเรศวรครั้งนี้  เพราะพระปรีชาสามารถ ที่ทรงใช้หลักการสงคราม มาประยุกต์ใช้ในการปฎิบัติจริงอย่างได้ผล  เมื่อพระองค์เสด็จกลับมากรุงศรีอยุธยาแล้ว  ก็ได้ทรงปรับปรุงกองทัพ  และเตรียมการณ์ต่าง ๆ ไว้พร้อมที่จะรับสถานการณ์ในอนาคตโดยมิได้ประมาท

            เมื่อปี พ.ศ. 2126  พระเจ้าอังวะเป็นกบฎ  เนื่องจากไม่พอใจทางกรุงหงสาวดีอยู่หลายประการ  จึงแข็งเมือง พร้อมกับเกลี้ยกล่อมเจ้าไทยใหญ่อีกหลายเมืองให้แข็งเมืองด้วย  พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงจึงยกทัพหลวงไปปราบ  ในการณ์นี้ได้สั่งให้เจ้าเมืองแปร  เจ้าเมืองตองอู และเจ้าเมืองเชียงใหม่  รวมทั้งทางกรุงศรีอยุธยาด้วย  ให้ยกทัพไปช่วย  ทางไทย  สมเด็จพระมหาธรรมราชาโปรดให้สมเด็จพระนเรศวรยกทัพไปแทน สมเด็จพระนเรศวรยกทัพออกจากเมืองพิษณุโลก เมื่อวันแรม 6 ค่ำ เดือน 3 ปีมะแม พ.ศ. 2126  พระองค์ยกทัพไทยไปช้า ๆ เพื่อให้การปราบปรามเจ้าอังวะเสร็จสิ้นไปก่อน  ทำให้พระเจ้าหงสาวดีนันทบุเรงแคลงใจว่า  ทางไทยคงจะถูกพระเจ้าอังวะชักชวนให้เข้าด้วย  จึงสั่งให้พระมหาอุปราชา คุมทัพรักษากรุงหงสาวดีไว้  ถ้าทัพไทยยกมาถึงก็ให้ต้อนรับ และหาทางกำจัดเสีย  และพระองค์ได้สั่งให้พระยามอญสองคน คือ พระยาเกียรติและพระยาราม   ซึ่งมีสมัครพรรคพวกอยู่ที่เมืองแครงมาก และทำนองจะเป็นผู้คุ้นเคยกับสมเด็จพระนเรศวรมาแต่ก่อน  ลงมาคอยต้อนรับทัพไทยที่เมืองแครง  อันเป็นชายแดนติดต่อกับไทย  พระมหาอุปราชาได้ตรัสสั่งเป็นความลับว่า  เมื่อสมเด็จพระนเรศวรยกกองทัพขึ้นไป  ถ้าพระมหาอุปราชายกเข้าตีด้านหน้าเมื่อใด  ให้พระยาเกียรติและพระยาราม  คุมกำลังเข้าตีกระหนาบทางด้านหลัง  ช่วยกันกำจัดสมเด็จพระนเรศวรเสียให้จงได้  พระยาเกียรติกับพระยาราม  เมื่อไปถึงเมืองแครงแล้ว ได้ขยายความลับนี้แก่พระมหาเถรคันฉ่อง  ผู้เป็นอาจารย์ของตน ทุกคนไม่มีใครเห็นดีด้วยกับแผนการของพระเจ้ากรุงหงสาวดี  เพราะมหาเถรคันฉ่องกับสมเด็จพระนเรศวร  เคยรู้จักชอบพอกันมาก่อน
            กองทัพไทยยกมาถึงเมืองแครง เมื่อวันขึ้น 1 ค่ำ  เดือน 6 ปีวอก พ.ศ. 2127  โดยใช้เวลาเดินทัพเกือบสองเดือน  กองทัพไทยตั้งทัพอยู่นอกเมือง  เจ้าเมืองแครงพร้อมทั้งพระยาเกียรติกับพระยารามได้มาเฝ้า ฯ  สมเด็จพระนเรศวร จากนั้นสมเด็จพระนเรศวรได้เสด็จไปเยี่ยมพระมหาเถรคันฉ่อง  ซึ่งคุ้นเคยกันดีมาก่อน  พระมหาเถรคันฉ่องมีใจสงสาร จึงกราบทูลถึงเรื่องการคิดร้ายของทางกรุงหงสาวดี  แล้วให้พระยาเกียรติกับพระยาราม กราบทูลให้ทราบตามความเป็นจริง  เมื่อพระองค์ได้ทราบความโดยตลอดแล้ว  ก็ทรงมีพระดำริเห็นว่า  การเป็นอริราชศัตรูกับกรุงหงสาวดีนั้น ถึงกาลเวลาที่จะต้องเปิดเผยต่อไปแล้ว จึงได้มีรับสั่งให้เรียกประชุมแม่ทัพนายกอง กรมการเมือง เจ้าเมืองแครงรวมทั้งพระยาเกียรติพระยาราม และทหารมอญมาประชุมพร้อมกัน  แล้วนิมนต์พระมหาเถรคันฉ่อง และพระสงฆ์มาเป็นสักขีพยาน  ทรงแจ้งเรื่องให้คนทั้งปวงที่มาชุมนุม  ณ  ที่นั้นทราบว่า  พระเจ้าหงสาวดีคิดประทุษร้ายต่อพระองค์  จากนั้นพระองค์ได้ทรงหลั่งน้ำลงสู่แผ่นดินด้วยสุวรรณภิงคาร (พระน้ำเต้าทองคำ)  ประกาศแก่เทพยดาฟ้าดินว่า
            "ด้วยพระเจ้าหงสาวดี  มิได้อยู่ในครองสุจริตมิตรภาพขัตติยราชประเพณี  เสียสามัคคีรสธรรม  ประพฤติพาลทุจริต คิดจะทำอันตรายแก่เรา  ตั้งแต่นี้ไป  กรุงศรีอยุธยาขาดไมตรีกับกรุงหงสาวดี  มิได้เป็นมิตรร่วมสุวรรณปฐพีเดียวกันดุจดังแต่ก่อนสืบไป"
            จากนั้นพระองค์ได้ตรัสถามชาวเมืองแครงว่าจะเข้าข้างฝ่ายใด  พวกมอญทั้งปวงต่างเข้ากับฝ่ายไทย  สมเด็จพระนเรศวรจึงให้จับเจ้าเมืองกรมการพม่า  แล้วเอาเมืองแครงเป็นที่ตั้งประชุมทัพ  เมื่อจัดกองทัพเสร็จ ก็ทรงยกทัพจากเมืองแครง ไปยังเมืองหงสาวดี  เมื่อวันแรม 3 ค่ำ เดือน 6
            ฝ่ายพระมหาอุปราชาที่อยู่รักษาเมืองหงสาวดี  เมื่อทราบว่าพระยาเกียรติ พระยารามกลับไปเข้ากับสมเด็จพระนเรศวร  จึงได้แต่รักษาพระนครมั่นอยู่  สมเด็จพระนเรศวรเสด็จยกทัพข้ามแม่น้ำสะโตงไปใกล้ถึงเมืองหงสาวดี   ได้ทราบความว่า  พระเจ้ากรุงหงสาวดีมัชัยชนะได้เมืองอังวะแล้ว  กำลังจะยกทัพกลับคืนพระนคร  พระองค์เห็นว่าสถานการณ์ครั้งนี้ไม่สมคะเน  เห็นว่าจะตีเอาเมืองหงสาวดีในครั้งนี้ยังไม่ได้  จึงให้กองทัพแยกย้ายกันเที่ยวบอกพวกครัวไทย  ที่พม่ากวาดต้อนไปแต่ก่อน ให้อพยพกลับบ้านเมือง  ได้ผู้คนมาประมาณหมื่นเศษ  ให้ยกล่วงหน้าไปก่อน  พระองค์ทรงคุมกองทัพยกตามมาข้างหลัง

            ฝ่ายพระมหาอุปราชาทราบข่าวว่า สมเด็จพระนเรศวรกวาดต้อนคนไทยกลับ  จึงได้ให้สุรกรรมาเป็นกองหน้า
พระมหาอุปราชาเป็นกองหลวง  ยกติดตามกองทัพไทยมา  กองหน้าของพม่าตามมาทันที่ริมฝั่งแม่น้ำสะโตง  ในขณะที่ฝ่ายไทยได้ข้ามแม่น้ำไปแล้ว  และคอยป้องกันมิให้ข้าศึกข้ามตามมาได้  ได้มีการต่อสู้กันที่ริมฝั่งแม่น้ำ  สมเด็จพระนเรศวรทรงใช้พระแสงปืนนกสับยาวเก้าคืบ  ยิงถูกสุรกรรมา  แม่ทัพหน้าพม่าตายบนคอช้าง  กองทัพของพม่าเห็นแม่ทัพตาย ก็พากันเลิกทัพกลับไป  เมื่อพระมหาอุปราชาแม่ทัพหลวงทรงทราบ จึงให้เลิกทัพกลับไปกรุงหงสาวดี
            พระแสงปืนที่ใช้ยิงสุรกรรมาตายบนคอช้างนี้ได้นามปรากฎต่อมาว่า  "พระแสงปืนต้นข้ามแม่น้ำสะโตง"  นับเป็นพระแสงอัษฎาวุธ  อันเป็นเครื่องราชูปโภค  ยังปรากฎอยู่จนถึงทุกวันนี้
            เมื่อสมเด็จพระนเรศวรเสด็จกลับถึงเมืองแครง  ทรงดำริว่าพระมหาเถรคันฉ่องกับพระยาเกียรติพระยารามได้มีอุปการะมาก  สมควรได้รับการตอบแทนให้สมแก่ความชอบ จึงทรงชักชวนให้มาอยู่ในกรุงศรีอยุธยา  พระมหาเถรคันฉ่องกับพระยามอญ  ที้งสองก็มีความยินดี  พาพรรคพวกสเด็จเข้ามาด้วยเป็นอันมาก  ในการยกกำลังกลับครั้งนี้  สมเด็จพระนเรศวรทรงเกรงว่า ข้าศึกอาจยกทัพตามมาอีก  ถ้าเสด็จกลับทางด่านแม่ละเมา  มีกองทัพของนันทสูราชสังครำตั้งอยู่ที่เมืองกำแพงเพชร  จะเป็นอุปสรรคต่อการเดินทาง  พระองค์จึงรีบสั่งให้พระยาเกียรติ พระยาราม  นำทัพเดินผ่านหัวเมืองมอญลงมาทางใต้  มาเข้าทางด่านเจดีย์สามองค์
            เมื่อกลับมาถึงกรุงศรีอยุธยาแล้ว  สมเด็จพระมหาธรรมราชาก็พระราชทานบำเหน็จรางวัลแก่พวกมอญที่สวามิภักดิ์  ทรงตั้งพระมาหาเถรคันฉ่องเป็นพระสังฆราชา ที่สมเด็จอริยวงศ์  และให้พระยาเกียรติ พระยารามมีตำแหน่งยศ  ได้พระราชทานพานทอง  ควบคุมมอญที่เข้ามาด้วย  ให้ตั้งบ้านเรือนที่ริมวัดขมิ้น  และวัดขุนแสนใกล้วังจันทร์ของสมเด็จพระนเรศวร  แล้วทรงมอบการทั้งปวงที่จะตระเตรียมต่อสู้ข้าศึก  ให้สมเด็จพระนเรศวรทรงบังคับบัญชาสิทธิขาดแต่นั้นมา

            เมื่อสมเด็จพระนเรศวรประกาศอิสรภาพแล้ว  งานขั้นต่อไปของพระองค์คือ  การปราบปรามศัตรูของไทยที่อยู่ทางภาคเหนือ  พระองค์จึงเสด็จไปประทับอยู่ที่เมืองพิษณุโลก  บรรดาพวกไทยใหญ่ได้เข้ามาพึ่งพระบารมีเป็นจำนวนมาก  พม่าได้ส่งนันทสูราชสังครำ  ซึ่งมีกำลังกองทัพมาตั้งอยู่ที่เมืองกำแพงเพชรอยู่ก่อนแล้ว ถือสาส์นมาขอตัวพวกไทยใหญ่ดังกล่าวคืน  แต่พระองค์ได้ปฏิเสธไปด้วยเหตุผลว่า
            "ธรรมดาพระมหากษัตริย์ประเทศอิสระ  เมื่อชาวต่างชาติต่างภาษาหนีร้อนมาพึ่งเย็น ต้องรับไว้ไม่มีเยี่ยงอย่างที่ไหนที่จะต้องส่งตัวคืน"
            พระองค์ได้สั่งให้พระไชยบุรี กับพระศรีถมอรัตน์  ซึ่งเคยรบชนะเขมรมาด้วยกันที่ไชยบาดาล  เป็นแม่ทัพหน้า  ยกกำลังไปกำแพงเพชร  แต่ยังไม่ทันถึง  นันทสูราชสังครำทราบเรื่องก็เกรงกลัว  รีบถอนทัพกลับกรุงหงสาวดี  โดยที่ยังไม่ได้มีการปะทะกันรุนแรง  คงมีแต่เพียงประปรายเท่านั้น
            ฝ่ายเจ้าผู้ครองเมืองฝ่ายเหนือ เช่น พระยาสวรรคโลก และพระยาพิชัย (อุตรดิตถ์)  ยังมีความเกรงกลัวพม่าอยู่  เห็นว่าทางสมเด็จพระนเรศวรยังมีกำลังรี้พลน้อย  เกรงว่าจะสู้พม่าไม่ได้  จึงคิดเอาตัวรอด ไม่ยอมยกไปรบกับนันทสูราชสังครำตามคำสั่งเกณฑ์  เมื่อพระยาทั้งสองได้รับสั่งแล้ว ก็คิดการกบฎ โดยเกณฑ์ไพร่พลเมืองสวรรคโลกและเมืองพิชัย ตลอดจนชาวเมืองอื่น ๆ ที่อยู่ใกล้เคียง ไปรวมกำลังตั้งมั่นแข็งเมืองอยู่ที่เมืองสวรรคโลก  คอยท่าทัพพม่าหรือทัพเชียงใหม่ยกลงมาช่วย