ประวัติศาสตร์
            ยุคประวัติศาสตร์ตอนต้น  ชาวมาเลย์ในยุคแรก ๆ ตั้งถิ่นฐานรวมตัวกันอยู่ในหมู่บ้านเล็ก ๆ กระจัดกระจายอยู่ทางตอนเหนือของแหลมมลายู เมื่อประมาณ ๑,๕๐๐ ปีมาแล้ว ในช่วง ๑,๐๐๐ ปีแรก มีรายละเอียดเกี่ยวกับแหลมมลายูไม่มากนัก เรื่องราวของแหลมมลายู และดินแดนแถบนี้ ได้มีการบันทึกไว้เป็นหลักฐานครั้งแรก เมื่อคริสตศตวรรษที่ ๕ ดังปรากฎในบันทึกของผู้แสวงบุญชาวจีนสองคน ที่เดินทางโดยเรือจากจีนไปยังพุทธภูมิในอินเดีย
            ต่อมาในครคิสตศตวรรษที่ ๙ และ ๑๐ ก็ได้มีการบันทึกประวัติของดินแดนแถบนี้
            ชาวอินเดียได้กล่าวถึงดินแดนแถบนี้ไว้ในพงศาวดารเรื่องรามเกียรติ์และตามเอกสารอื่น ๆ
            เมื่อเส้นทางสายไหมถูกพวกป่าเถื่อนก่อกวน ทำให้ราชวงศ์จีนต้องหันมาใช้เส้นทางทะเลตอนใต้มากขึ้น จนทำให้ดินแดนในแหลมมลายู กลายเป็นศูนย์กลางการค้าระหว่างตะวันออกไกลคือ จีนกับเอเซียใต้คือ อินเดียกับประเทศต่าง ๆ ในตะวันออกกลาง
            ดินแดนแถบนี้ได้ตกอยู่ภายใต้อิทธิพลของอาณาจักรสำคัญ ๆ ตามลำดับคือ อาณาจักรศรีวิชัย อันเป็นอาณาจักรเก่าแก่ของอินโดนีเซีย และนับถือพุทธศาสนา ได้แพร่อำนาจเข้าครอบครองดินแดนส่วนใหญ่ในแหลมมลายู ในพุทธศตวรรษที่ ๑๔
            ต่อมาในปลายพุทธศตวรรษที่ ๑๔ อาณาจักรฮินดูบนเกาะชวา คือ อาณาจักรมัชปาหิต และอาณาจักรสุโขทัยได้แผ่อำนาจเข้ามาแทนที่ แหลมมลายูจึงเป็นดินแดนแห่งพุทธศาสนา และศาสนาฮินดูมาก่อน
            ต่อมาเมื่อประมาณปี พ.ศ.๑๙๔๔ อาณาจักรที่ถือได้ว่าเป็นต้นกำเนิดของมาเลเซีย ปัจจุบันคือมีผู้ปกครองคนแรกชื่อเจ้าชายปรเมศวร์ ได้สร้างหมู่บ้านประมงเล็ก ๆ ให้กลายเป็นอาณาจักรและศูนย์การค้า ระหว่างอาณาจักรมีชื่อว่า มะละกา (Malacca) ทำการค้าอย่างแน่นแฟ้นกับราชวงศ์หมิง (Ming) ของจีน และได้เปลี่ยนไปนับถือศาสนาอิสลาม เพื่อรับความคุ้มครอง และประโยชน์ทางการค้าจากบรรดาอาณาจักรต่าง ๆ ที่ตั้งอยู่ตามชายฝั่งตอนเหนือของเกาะสุมาตรา เพื่อให้พ้นจากอิทธิพลของอาณาจักรอยุธยา และมัชปาหิต
            ความรุ่งเรืองของมะละกา ดำรงอยู่ได้ประมาณเกือบร้อยปีก็ตกไปอยู่ในการปกครองของโปร์ตุเกส เมื่อปี พ.ศ.๒๐๕๔ ศูนย์อำนาจของมลายูก็ไปปรากฎอยู่ตามพื้นที่อื่น ๆ ในแหลมมลายูเช่น ยะโฮร์ เปรัค ปาหัง ไทรบุรีหรือเคดาห์ เซลังงอร์ เป็นต้น
            ต่อมาในปี พ.ศ.๒๒๘๔ มะละกาถูกชาวดัทย์ยึดครอง ต่อจากนั้นในปลายพุทธศตวรรษที่ ๒๓ อังกฤษได้แผ่อิทธิพลทางการค้าจากอินเดียเข้าสู่ปีนัง และยึดครองปีนัง จากสุลตานรัฐเคดาห์ ในปี พ.ศ.๒๓๒๙ ในที่สุดอังกฤษก็ได้มะละกาจากดัทช์ แลกกับดินแดนสุมาตราในปี พ.ศ.๒๓๖๗ อีกสองปีต่อมาอังกฤษก็ได้ครอบครองทั้งปีนัง มะละกา และสิงคโปร์
            ในปี พ.ศ.๒๔๓๘ รัฐเปรัค เซลังงอร์ นครีเซมปลัน และปาหัง ได้รวมกันเป็นสมาพันธรัฐมลายู ต่อมาในปี พ.ศ.๒๔๔๗ ประเทศไทยได้มอบสิทธิการปกครองรัฐเคดาห์ เปอร์ลิส กลันตัน และตรังกานู ให้แก่อังกฤษ ซึ่งได้ส่งที่ปรึกษามาดูแล และในปี พ.ศ.๒๔๕๗ รัฐยะโฮร์ ก็เข้ามารวมกลุ่มด้วย แต่ทั้งห้ารัฐนี้ไม่ได้เข้าร่วมกับสมาพันธรัฐมลายู เพราะเกรงว่าจะสูญเสียอำนาจของตนให้แก่อังกฤษ
    ความสัมพันธ์กับราชอาณาจักรไทยในอดีต
                สมัยสุโขทัย  ในสมัยพ่อขุนรามคำแหง ฯ ราชอาณาจักรสุโขทัยได้แผ่ออกไปอย่างกว้างขวางใหญ่ไพศาล แผ่นดินในแหลมมลายูทั้งหมด รวมอยู่ในราชอาณาจักรไทย ดังหลักฐานที่ปรากฎในจดหมายเหตุของจีน แห่งราชวงศ์หงวน ซึ่งกล่าวไว้ว่า เมื่อปี พ.ศ.๑๘๓๘ อันเป็นปีที่ ๑๘ ในรัชสมัยพ่อขุนรามคำแหง ฯ นั้น พระองค์ได้เสด็จยาตราทัพลงไประงับการจลาจล ในแหลมมลายูทางภาคใต้
                สำหรับหลักฐานของไทยเราเอง ในศิลาจารรึกของพ่อขุนรามคำแหงได้กล่าวถึงอาณาเขตของกรุงสุโขทัยว่าครอบคลุมไปตลอดแหลมมลายู
                จากหลักฐานในจดหมายเหตุของจีน และหลักฐานในศิลาจารึกพ่อขุนรามคำแหง ฯ สมัยสมัยสุโขทัย แสดงให้เห็นว่า มลายูอยู่ในการปกครองของอาณาจักรไทยมาเป็นเวลาเกือบ ๘๐๐ ปีมาแล้ว
                สมัยอยุธยา  มลายูยังคงอยู่ภายใต้การปกครองของราชอาณาจักรไทยในฐานะประเทศราชเช่นเดียวกับในสมัยสุโขทัย
ซึ่งมีหลักฐานปรากฏอยู่ในพระราชพงศาวดารของไทย และพระราชพงศาวดารของจีน คือ
                ในสมัยอยุธยาตอนต้น พระราชพงศาวดารในรัชสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๑ ได้กล่าวไว้อย่างชัดเจนว่าเมืองมลายู และเมืองมะละกาเป็นประเทศราชของไทย  ผู้ครองนครได้ถวายดอกไม้เงินดอกไม้ทองแก่ไทยเป็นประจำทุกปี
                ในพระราชพงศาวดารจีนสมัยราชวงศ์เหม็ง เมื่อปี พ.ศ.๑๙๔๐ ได้กล่าวถึงการที่พระเจ้าจักรพรรดิจีนได้ส่งขันทีที่ชื่อยันฉิ่ง เป็นทูตมายังเมืองมะละกา ได้กล่าวว่า "ประเทศนี้ไม่มีกษัตริย์และไม่เรียกอาณาจักร แต่เป็นเมืองขึ้นของราชอาณาจักรไทย ซึ่งต้องส่งทองคำเป็นบรรณาการแก่ไทยเป็นประจำปี ๆ ละ ๔๐ ตำลึง  หัวหน้าชื่อไป๋ลีสูล่า (ปรเมศวร)..."
                นอกจากจีนแล้วยังมีชาติตะวันตกในสมัยนั้นยอมรับอธิปไตยของไทยเหนือดินแดนแหลมมลายูด้วย ชาติแรกคือ โปร์ตุเกส ซึ่งเป็นชาวยุโรปชาติแรก ที่เข้ามาในภูมิภาคนี้ ได้มีชาวโปร์ตุเกสที่เป็นนักประวัติศาสตร์ มีชีวิตอยู่ระหว่างปี พ.ศ.๒๑๓๓ - ๒๑๙๒ ได้กล่าวถึงความยิ่งใหญ่ของราชอาณาจักรไทย ในสมัยอยุธยาครั้งนั้นไว้ในหนังสือชื่อ เอเชีย โปร์ตุเกซา (Asia Portugueza) ว่ามหาอาณาจักรไทยในเวลานั้น เป็นอาณาจักรที่ใหญ่ที่สุดอาณาจักรหนึ่งในเอเชียตะวันออก นอกจากนั้นก็มีอาณาจักรจีน และอาณาจักรพิชัยนคร (อยู่ในอินเดีย)  มีแม่น้ำสายใหญ่ผ่านกลางประเทศตั้งแต่เหนือลงมาใต้ มหาอาณาจักรมีความยาว ๙๙๐ ไมล์   ทางตะวันตกจดอ่าวเบงกอล ทางใต้จดมะละกา ทางเหนือจดประเทศจีน และทางตะวันออกจดเขมร พื้นที่เป็นภูเขา และที่ราบ มีประชาชนหลายเชื้อชาติหลายภาษา เข้ามาพึ่งพิงอาศัย
                ชาวตะวันตกอีกชาติหนึ่งคือชาวฝรั่งเศสได้บันทึกยอมรับอำนาจของไทยเหนือดินแดนในแหลมมลายู คือ เมอซิเออร์ ลานิเยร์ (Monsieur Lanier) ได้เข้ามายังเมืองไทยในรัชสมัยสมเด็จพระนารายณ์มหาราช ได้รวบรวมจดหมายเหตุฝรั่งเศส ซึ่งชาวฝรั่งเศสได้บันทึกไว้ โดยได้กล่าวถึงราชอาณาจักรไทยสมัยอยุธยา ในเวลานั้นว่า "เวลานั้นเจ้าแผ่นดินเขมร ยะโฮร์ ปัตตานี ไทรบุรี และยำบิ ล้วนแต่เป็นเมืองขึ้นของไทยทั้งนั้น และทุก ๆ ปี ต้องส่งต้นไม้เงินต้นไม้ทอง และเครื่องราชบรรณาการมาถวายพระเจ้าแผ่นดินแห่งกรุงสยามทุกคน"
                สมัยกรุงธนบุรีและกรุงรัตนโกสินทร์  ในช่วงต้นกรุงรัตนโกสินทร์ แหลมมลายูคงอยู่ในราชอาณาจักรไทยเช่นเดียวกับสมัยอยุธยา แต่ดินแดนบางส่วนของแหลมมลายู เริ่มถูกอิทธิพลของชาวตะวันตกหลายชาติ เข้ามายึดครองไปอยู่ในอำนาจของตน ตามลำดับเรื่อยมา จนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้า ฯ แหลมมลายูในส่วนที่เป็นประเทศมาเลเซีย และสิงคโปร์ ในปัจจุบันได้ตกไปอยู่ในการปกครองของชาติตะวันตก
    ไทยเสียดินแดนมลายู และการเข้ายึดครองมลายูของอังกฤษ
                ไทยเสียมะละกาให้โปร์ตุเกส  มะละกาเป็นเมืองขึ้นของไทยมาช้านาน จนปรากฏว่า มะละกาได้รับวัฒนธรรมไทยไว้มากกว่าแห่งอื่น ยังปรากฏอยู่จนถึงปัจจุบัน
                ในปี พ.ศ.๒๐๕๒ ในรัชสมัยสมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ แห่งกรุงศรีอยุธยา โปร์ตุเกสได้ส่งกองเรือสินค้าเดินทางมาถึงเมืองมะละกา ได้เกิดเป็นปรปักษ์กับชาวอาหรับ และชาวพื้นเมือง จึงถูกยึดเรือ จึงได้ขอร้องไปยังผู้สำเร็จราชการเมืองกัวให้มาช่วยเหลือ มีการยกกำลังมายังเมืองมะละกาในปี พ.ศ.๒๐๕๔ ยึดเมืองมะละกาได้ และขับไล่พวกอาหรับออกไป ต่อมาเมื่อทราบว่ามะละกาเป็นเมืองขึ้นของไทย จึงได้แต่งทูตเดินทางเข้ามาเจรจาทางไมตรีขอเมืองมะละกาจากไทยในปี พ.ศ.๒๐๖๒ ทางกรุงศรีอยุธยา สมเด็จพระรามาธิบดีที่ ๒ ทรงเห็นว่าประชาชนส่วนใหญ่หันไปนับถือศาสนาอิสลามแล้ว ประกอบกับไทยได้ทอดทิ้งเมืองมะละกามาช้านาน
เพราะหนทางไกล การไปมาติดต่อปกครองดูแลไม่สะดวก จึงทรงยอมรับไมตรีของโปร์ตุเกส และยอมยกเมืองมะละกาให้โปร์ตุเกส นับเป็นครั้งแรก ที่ไทยเริ่มเสียดินแดนในแหลมมลายูให้แก่ชาวตะวันตก
                โปร์ตุเกสครอบครองมะละกาอยู่ ๑๓๐ ปี ก็เสียมะละกาให้แก่ฮอลันดาซึ่งได้เข้ามายึดครองเซลังงอร์ และเปรัคไว้เป็นที่ทำการค้าแล้ว ต่อมาฮอลันดาได้ยกมะละกาให้อังกฤษ เพื่อแลกกับเมืองเบนดูเลนหรือปันกุลัน
                ไทยเสียเกาะหมากหรือปีนังให้อังกฤษ  เป็นการเสียดินแดนในแหลมมลายูเป็นครั้งที่สองของไทย ซึ่งอยู่ในสมัยรัตนโกสินทร์ เดิมเกาะปีนังขึ้นอยู่กับเมืองไทรบุรี ซึ่งเป็นเมืองขึ้นของไทย
                ในปี พ.ศ.๒๓๒๙ พระยาไทรบุรีแข็งเมือง เพราะไทยกำลังผลัดแผ่นดินใหม่ และกำลังยกกองทัพไปปราบเมืองปัตตานีที่แข็งเมืองอยู่เช่นกัน เมื่ออังกฤษมาขอเช่าเกาะปีนัง จากพระยาไทรบุรี ๆ จึงยอมให้เช่าโดยมอบหมายให้อังกฤษเป็นผู้คุ้มครอง อังกฤษยังได้ขอซื้อดินแดนบนแผ่นดินใหญ่ของรัฐไทรบุรี ที่อยู่ตรงข้ามกับเกาะปีนัง โดยอ้างว่าเพื่อป้องกันพวกโจรสลัด
                อังกฤษได้สิงคโปร์และดินดิงส์  อังกฤษเห็นว่าเกาะสิงคโปร์เป็นสถานที่ที่เหมาะสมที่จะใช้เป็นศูนย์การค้า จึงได้ขอซื้อจากสุลต่านยะโฮร์ เมื่อปี พ.ศ.๒๓๖๗  ส่วนดินแดนที่เรียกว่าดินดิงส์และหมู่เกาะต่าง ๆ ที่อยู่ในการปกครองของสุลต่านแห่งเปรัค อังกฤษก็ขอเช่าจากสุลต่านแห่งยะโฮร์ ๆ ยอมขายให้ เมื่อปี พ.ศ.๒๓๖๙
                อังกฤษตั้งเสตรต เซ็ตเติลเมนต์ (Straits Settlement)  ในปี พ.ศ.๒๔๐๑ รัฐบาลอังกฤษได้เลิกกิจการของบริษัทอินเดียตะวันออก แล้วโอนดินแดนในแหลมมลายู ที่อยู่ในครอบครองของบริษัท มาเป็นของรัฐบาลอังกฤษ ดินแดนดังกล่าวได้แก่ เกาะปีนัง เกาะสิงคโปร์ ดินดิงส์และมะละกา เรียกว่า เสตรต เซตเติลเมนท์ มีชาวอังกฤษเป็นผู้สำเร็จราชการโดยตรง ให้เกาะสิงคโปร์เป็นเมืองหลวง
                อังกฤษยึดเมืองอื่น ๆ อีก  ในระยะต่อมา อังกฤษได้มุ่งครอบครองดินแดนบนแผ่นดินใหญ่ของแหลมมลายู เมื่อเห็นว่า เมืองใดมิได้มีหลักฐาน เป็นเมืองขึ้นของไทยอย่างเด็ดขาดโดยตรง ก็และเล็มเลียบเคียงเอากับสุลต่านผู้ครองเมือง แต่ถ้าเห็นว่าเมืองใดเป็นเมืองขึ้นของไทยอย่างเด็ดขาดโดยตรง ก็ยังไม่กล้าเข้ามาวุ่นวาย เช่น เมืองไทรบุรี (เคดาห์)  กลันตัน ตรังกานู และเปอร์ลิส เป็นต้น
                สำหรับเมืองที่เป็นอิสระและกึ่งประเทศราชของไทยที่อังกฤษหาเหตุยึดเอาไปเป็นเมืองขึ้นได้แก่
                    รัฐเปรัค  ในปี พ.ศ.๒๔๑๖ ได้เกิดจลาจลในรัฐเปรัค อังกฤษขอให้สุลต่านแห่งเปรัคทำการปราบปราม แต่ไม่สามารถปราบได้ อังกฤษจึงถือโอกาส เข้าปราบปรามเอง เมื่อสงบราบคาบแล้วอังกฤษก็ไม่ยอมถอนกำลังกลับ ในที่สุดรัฐเปรัคก็ตกเป็นรัฐในอารักขาของอังกฤษ โดยอังกฤษส่งข้าหลวงใหญ่ (Resident) มาปกครอง
                    รัฐเซลังงอร์  ในระยะเวลาใกล้เคียงกัน รัฐเซลังงอร์ก็ได้เกิดโจรผู้ร้ายชุกชุม  และบังเอิญ นายทหารอังกฤษถูกฆ่าตาย อังกฤษ จึงถือโอกาสบังคับทำนองเดียวกับรัฐเปรัค และให้คนอังกฤษเป็นข้าหลวงใหญ่ประจำอยู่ในราชสำนักสุลต่านด้วย
                    รัฐนครีเซมปิลัน  ในปี พ.ศ.๒๔๑๖ เกิดการแย่งชิงราชสมบัติในรัาฐนครีเซมปิลัน และเกิดจลาจลทั่วไป อังกฤษถือเป็นข้ออ้างเข้าไปรักษาความสงบ และยึดเป็นรัฐในอารักขา
                    รัฐปาหัง  เป็นรัฐเก่าแก่ของไทย เคยมีคนไทยไปเป็นเจ้าเมืองปกครองมาแต่โบราณ ได้เกิดเหตุการณ์คนจีนในบังคับอังกฤษ ถูกฆ่าตายในเมืองปากัน รัฐบาลอังกฤษที่สิงคโปร์ขอให้จัดการสอบสวน และส่งตัวคนร้ายไปให้อังกฤษที่สิงคโปร์ แต่สุลต่านรัฐปาหังไม่ยอมปฎิบัติตาม แต่ในที่สุดก็ยอมให้อังกฤษตั้ง
ข้าหลวงใหญ่มาประจำเช่นเดียวกับรัฐอื่น ๆ
                    ในที่สุดรัฐต่าง ๆ ในแหลมมลายูได้ตกเป็นเมืองขึ้นของอังกฤษเกือบหมดสิ้น คงเหลือรัฐยะโฮร์ซึ่งเป็นรัฐอิสระ ปกครองตนเองได้เพียงรัฐเดียว กับอีกสี่รัฐของไทยคือ ไทรบุรี เปอร์ลิส กลันตัน และตรังกานู
                    อังกฤษตั้งสหพันธรัฐมลายู ในปี พ.ศ.๒๔๓๙ อังกฤษได้รวมรัฐทั้งสี่ที่ได้มาใหม่คือ รัฐปาหัง เปรัค เซลังงอร์ และนครีเซมปิลัน เข้าเป็นสหพันธรัฐมลายา (Fedetated Malaya Ststes)  โดยมีเมืองกัวลาลัมเปอร์ ซึ่งอยู่ในรัฐเซลังงอร์เป็นเมืองหลวง
                ไทยเสียสี่รัฐมลายู ครั้งสุดท้ายให้อังกฤษ  นับเป็นการสูญเสียที่มีความหมายแก่ไทยเป็นอย่างยิ่ง เพราะทั้งสี่รัฐมีความผูกพันกับราชอาณาจักรไทยอย่างใกล้ชิด มาตั้งแต่สมัยสุโขทัยและต่อเนื่องกันมา โดยเฉพาะอย่างยิ่งรัฐกลันตัน ไทรบุรี และเปอร์ลิส มีประชากรพื้นเมืองเป็นคนไทยแท้ ๆ และเป็นชาวพุทธ ตั้งถิ่นฐานอยู่ในดินแดนดังกล่าว นับร้อยปีมาแล้ว ไม่อาจละทิ้งถิ่นฐานอพยพออกมาได้ ต้องกลายเป็นชนกลุ่มน้อยในดินแดนดังกล่าวไป
                สาเหดุการเสียดินแดนสี่รัฐมลายู (มาลัย)  ดังกล่าวสอบได้ว่า เกิดจากสนธิสัญญาที่อังกฤษทำกับไทย ในลักษณะที่เอาเปรียบทุกด้าน เป็นการเข้ามาทำสัญญาในลักษณะที่มีเรือรบ และมีปืนเข้ามาเจรจาด้วย สัญญาดังกล่าวมีอยู่หลายเรื่อง โดยเฉพาะอย่างยิ่งอำนาจศาล หรือสิทธิสภาพนอกอาณาเขต (Extra Tentoriality) ซึ่งเป็นที่มาของการเสียดินแดนส่วนนี้
                อังกฤษได้เริ่มเข้ามาติดต่อกับประเทศไทย ในรัชสมัยสมเด็จพระเอกาทศรถ ในสมัยอยุธยา เมื่อปี พ.ศ.๒๑๕๕ โดยมาขออนุญาตตั้งสถานีการค้า ตามหัวเมืองชายทะเลของไทย และในกรุงศรีอยุธยา จากนั้นก็ได้ติดต่อกันอีกเป็นระยะ ๆ ตลอดมา จนถึงรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้า ฯ ในสมัยรัตนโกสินทร์ อังกฤษกับไทย เริ่มมีไมตรีกัน ตามแบบธรรมเนียมทางการทูตของอารยประเทศ ได้มีการทำสัญญาทางพระราชไมตรี และการค้า เมื่อปี พ.ศ.๒๓๙๘ สัญญาฉบับนี้ไทยเริ่มเสียเอกราชทางศาล โดยอังกฤษได้กำหนดให้คนในบังคับอังกฤษ เมื่อทำผิดกฎหมายในราชอาณาจักรไทย ไม่ต้องขึ้นศาลไทย ศาลกงสุลของอังกฤษจะเป็นผู้พิจารณาพิพากษาคดีเอง ไทยจำเป็นต้องยินยอม เพื่อรักษาความเป็นเอกราชส่วนใหญ่ไว้
                ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้า ฯ ไทยต้องยอมยกดินแดนสี่รัฐมลายู ให้แก่อังกฤษเพื่อแลกกับสิทธิสภาพนอกอาณาเขต โดยให้คนในบังคับอังกฤษทุกประเภท ต้องขึ้นศาลไทย รวมทั้งอังกฤษให้ไทยกู้เงินมาสร้างทางรถไฟสายใต้ สัญญานี้เรียกว่า สัญญากรุงเทพ ฯ (Bangkok Treaty) กระทำในปี พ.ศ.๒๔๕๒
                การปกครองระหว่างเป็นอาณานิคมของอังกฤษ  อังกฤษได้จัดการปกครองรัฐต่า งๆ ด้วยวิธีการต่าง ๆ กัน บางครั้งอังกฤษปกครองเองโดยตรง ผู้ปกครองและข้าราชการล้วนเป็นชาวอังกฤษ บางรัฐปกครองแบบเมืองขึ้น โดยให้สุลต่านปกครองตามเดิม อังกฤษเพียงส่งข้าหลวงมาควบคุม การแบ่งการปกครองเป็นดังนี้
                    การปกครองแบบเสตรต เซตเติลเมนต์ (Straits Selllement)  ได้แก่ เกาะปีนัง เกาะสิงคโปร์ และมะละกา อังกฤษได้เข้าปกครองโดยตรง ตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๓๖๒ - ๒๔๑๐ เดิมอยู่ในความดูแลของบริษัทอินเดียตะวันออก (East India Company)  ต่อมาอังกฤษได้ส่งข้าหลวงมาควบคุม จึงให้ขึ้นตรงต่อกระทรวงอินเดีย แล้วเปลี่ยนไปสังกัดกระทรวงอาณานิคม เรียกรัฐทั้งสามนี้ใหม่ว่า คราวน์ โคโลนี (Crown Colony)  โดยอังกฤษส่งข้าหลวง (Governor)  มาควบคุม มีอำนาจในการบริหารในฐานเป็นประมุขของรัฐ รับผิดชอบต่อกษัตริย์อังกฤษโดยตรง ในการบริหารงาน
                    สหพันธรัฐมลายา (Fedetated MalayaStates - FMS)  แต่เดิมรัฐเปรัค ปาหัง เซลังงอร์ และนครีเซมปิลัน อังกฤษได้ส่งข้าหลวง (Resident) ไปประจำทุกรัฐ ต่อมารัฐทั้งสี่นี้ได้รวมกันจัดตั้งเป็นสหพันธรัฐมลายู ขึ้นเมื่อปี พ.ศ.๒๔๓๙ ประมุขของรัฐคือ ข้าหลวงใหญ่ (High Commissionor)  ซึ่งเป็นข้าหลวงของเสตรต เซตเติลเมนต์ (Straits Settlement)  ด้วย และข้าหลวง (Resident) ของแต่ละรัฐ เข้าร่วมประชุมปรึกษา
                    สภาสหพันธ์ (Federal Council)  ตั้งเมื่อปี พ.ศ.๒๔๕๒ มีสมาชิก ๘ คน คือ ข้าหลวง (Resident) ของอังกฤษสี่คน ประชาชนในรัฐอีกสี่คน ต่อมาได้เพิ่มประเภทหลังเป็นแปดคน รวมสิบสองคน
            ในปี พ.ศ.๒๔๗๐ เจ้าผู้ครองรัฐทั้งสี่ในสหพันธ์ได้ร่วมกันสร้างรัฐธรรมนูญ สภาสหพันธ์ขึ้น ให้เพิ่มสมาชิกเป็น ๒๔ คน ในแต่ละรัฐประกอบด้วยเจ้าผู้ครองนคร ข้าหลวง (Resident)  และสภาแห่งรัฐ (State Council) เป็นที่ปรึกษา
                    รัฐนอกสหพันธ์ (Unfederated States)  ได้แก่ สี่รัฐมลายู ซึ่งอังกฤษได้ไปจากไทย รวมกับรัฐยะโฮร์ (Johore) ในแต่ละรัฐมีที่ปรึกษาประจำ แต่ให้ชาวมาเลย์มีส่วนร่วมในการปกครองในรัฐเหล่านั้น มากกว่ารัฐในสหพันธ์
             ยุคหลังสงครามมหาเอเซียบูรพา
                การจัดตั้งองค์กรทางการเมือง  ในระหว่างปี พ.ศ.๒๔๘๔ - ๒๔๘๕ ญี่ปุ่นได้เข้ายึดครองมลายู และบอร์เนียว จนสงครามยุติในปี พ.ศ.๒๔๘๘
                ก่อนสงครามมหาเอเซียบูรพา ได้มีการกระตุ้นเรื่องเชื้อชาติมาเลย์จากหลายองค์กร ความรู้สึกชาตินิยมยิ่งรุนแรงขึ้น ในปี พ.ศ.๒๔๘๙ ได้มีการตั้งพรรคอัมโน (United Malays National Organization - UMNO) เพื่อเป็นหัวหอกในการต่อสู้ให้ได้อิสรภาพของประเทศ
                ในปี พ.ศ.๒๕๐๕ คณะกรรมการแองโกล - มาลายัน ซึ่งประกอบด้วย มาลาย อังกฤษ บอร์เนียวเหนือ และซาราวัค ได้ทำการสำรวจประชามติ เพื่อตั้งประเทศมาเลเซียขึ้น ประกอบด้วย มลายา ซาบาห์ ซาราวัค และสิงคโปร์
                ต่อมาสิงคโปร์ ได้แยกตัวออกมาตั้งเป็นประเทศ เมื่อปี พ.ศ.๒๕๐๘
                การปกครองหลังสงครามมหาเอเซียบูรพา  เมื่อสงครามสงบลงอังกฤษได้กลับมาครอบครองมาเลเซียอีกครั้ง โดยการรวมรัฐมาเลย์ทั้งเก้ากับปีนัง และมะละกา เข้าด้วยกัน โดยมีข้าหลวงอังกฤษทำการปกครอง และมีสภาบริหาร (Executive Council)  กับสภานิติบัญญัติ (Legistative Conncit) เป็นผู้ช่วยราชาของรัฐต่าง ๆ ทำหน้าที่ให้คำแนะนำเกี่ยวกับขนบธรรมเนียมประเพณี และทางศาสนาของมลายู ส่วนสิงคโปร์ก็ให้เป็นอาณานิคมแยกต่างหากออกไป
                การปกครองในรูปสหภาพมลายัน (Malayan Union)  โดยใช้รัฐธรรมนูญเริ่มในปี พ.ศ.๒๔๘๙ การจัดรูปแบบการปกครองดังกล่าว ทำให้เกิดมีการคัดค้านจากหลายฝ่าย อังกฤษจึงได้พิจารณารูปแบบของระบบการปกครองใหม่ และได้เสนอแบบสหพันธ์ (Federtion)  แต่ระบบนี้ก็ได้รับการคัดค้าน จากกลุ่มคนที่ไม่ได้มีเชื้อชาติมลายู อย่างไรก็ตามสหพันธ์มลายูก็ได้ตั้งขึ้นมาในปี พ.ศ.๒๔๙๑ โดยถือเอาข้อตกลงสหพันธ์ (Federtion Agreement) พ.ศ.๒๔๙๑ เป็นหลัก ข้าหลวงใหญ่ของอังกฤษ เป็นหัวหน้ารัฐบาลของสหพันธ์ และมีสภาบริหารกับสภานิติบัญญัติ ที่ข้าหลวงใหญ่เป็นผู้แต่งตั้งสมาชิกสภาทั้งสองนี้ แต่รัฐบาลก็ยอมรับในอำนาจบางประการของผู้ปกครองรัฐ และอำนาจอารักขาของอังกฤษมีมาอยู่แต่เดิมก็ยังมีอยู่
                ต่อมาในปี พ.ศ.๒๕๐๐ มลายูก็ได้รับเอกราชจากอังกฤษ ตามรัฐธรรมนูญ พ.ศ.๒๕๐๐ ของสหพันธ์มลายู ถือว่าศาสนาอิสลามเป็นศาสนาประจำชาติ แต่มีบืบัญญัติว่าประชาชนมีสิทธิที่จะนับถือศาสนาอื่นได้
            ยุคก่อนตั้งสหพันธรัฐมาเลเซีย  สหพันธรัฐมาเลเซีย (Federation of Malaysia)  เป็นประเทศใหม่เกิดขึ้น เมื่อปี พ.ศ.๒๕๐๖ โดยการรวมกลุ่มของดินแดนซึ่งประกอบด้วย สหพันธรัฐมลายา สิงคโปร์ ซาราวัค และซาบาห์ (บอร์เนียวเหนือ) เข้าด้วยกัน ก่อนหน้านี้ดินแดนเหล่านี้ มีฐานะต่าง ๆ กันคือ
                สหพันธ์มลายา (Feration of Malaya)  เป็นดินแดนเอกราชรวมอยู่ในเครือจักรภพอังกฤษ เคยเป็นอาณานิคมของอังกฤษมาเกือบร้อยปี อังกฤษเพิ่งมาให้เอกราชเมื่อปี พ.ศ.๒๕๐๐ ประกอบด้วยรัฐต่าง ๆ ๑๑ รัฐคือ เปอร์ลิส เคดาห์ (ไทรบุรี) กลันตัน ตรังกานู เปรัค ปาหัง เซลังงอร์ นครีเซมปิลัน มะละกา ปีนัง และยะโฮร์ มีกษัตริย์เป็นประมุขเรียกว่า ยังดี เปอร์ตวน อากง (Yang - Di Pertuan Agong)  ไม่มีการสืบสันติวงศ์ แต่สืบราชสมบัติ โดยการได้รับเลือกตั้งจากสุลต่าน (Sultan) หรือเจ้าผู้ครองนครจากรัฐ ๙ รัฐ ยกเว้นปีนัง และมะละกา อยู่ในตำแหน่งห้าปี แล้วเลือกตั้งใหม่ สหพันธรัฐมลายา มีเมืองหลวงอยู่ที่กรุงกัวลาลัมเปอร์
                สิงคโปร์  เป็นดินแดนที่มีสิทธิปกครองตนเอง อยู่ในความควบคุมของอังกฤษในด้านการต่างประเทศ และด้านการทหาร ตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๕๐๒ มีประมุขเรียกว่า ยังดี เปอร์ตวน นครา (Yang - Si Pertuan Negara)  สิงคโปร์ต่อมาได้แยกตัวเป็นอิสระ เมื่อปี พ.ศ.๒๕๐๘
                ซาบาห์ (Sabah)  หรือบอร์เนียวเหนือ  อยู่เหนือสุดของเกาะบอร์เนียวเหนือ บริษัทบอร์เนียวเหนือของอังกฤษได้ปกครองดินแดนส่วนนี้มาตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๔๒๔ จนถึงปี พ.ศ.๒๔๘๓ จึงได้ยกฐานะเป็นอาณานิคมของอังกฤษ และได้รับสิทธิปกครองตนเอง เมื่อปี พ.ศ.๒๕๐๘
                ซาราวัค (Sarawak)  เป็นดินแดนที่ทอดยาวไปตามชายฝั่งตะวันตกเฉียงเหนือของเกาะบอร์เนียว ประมาณ ๘๐๐ กิโลเมตร ประชากรของซาราวัค ประกอบด้วยชนหลายเผ่า
                สุลต่านแห่งบูรไนได้ยกดินแดนส่วนนี้ให้แก่ เซอร์ เจมส์ บรุค (Sir James Brooke) นักเดินเรือชาวอังกฤษ ตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๓๘๔ ตระกูลบรุคได้ปกครองดินแดนนี้ติดต่อกันมาจนถึงปี พ.ศ.๒๔๘๔ เมื่อญี่ปุ่นยกกำลังเข้ายึดครองในสงครามมหาเอเชียบูรพา ซาราวัคตกอยู่ในอารักขาของอังกฤษมาตั้งแต่ปี พ.ศ.๒๔๓๑ และยกฐานะเป็นอาณานิคมของอังกฤษ เมื่อปี พ.ศ.๒๔๘๙ ต่อมในปี พ.ศ.๒๕๐๖ ก็ได้รับสิทธิปกครองตนเอง
                ข้อเสนอในการตั้งสหพันธรัฐมาเลเซีย มีฝ่ายที่ไม่เห็นด้วยทั้งภายใน และภายนอกประเทศ
                   พวกในประเทศ  คือ  กลุ่มภาษาวัฒนธรรมที่ไม่เหมือนกันวัฒนธรรมของกลุ่มคนมลายู กลุ่มดังกล่าวคือ พวกซาราวัคกับซาบาห์ ซึ่งชนพื้นเมืองส่วนใหญ่ไม่ใช่ลายู อีกพวกหนึ่งคือ พวกคอมมิวนิสต์ หรือผู้ที่ฝักใฝ่ในลัทธินี้ มีความเห็นว่าการรวมตัวกันเป็นเรื่องของชาตินิยม ซึ่งเป็นปฎิปักษ์ต่อลัทธิคอมมิวนิสต์
                   พวกจากภายนอก  ได้แก่ อินโดนิเซียซึ่งอยู่ใกล้กัน เพราะมาเลเซียอยู่ติดดินแดนของอินโดนิเซีย ในบอร์เนียวเหนือ อินโดนิเซียจึงใช้นโยบายเผชิญหน้ากับมาเลเซีย